Eine alte Bezeichnung des Ortes ist um ca. 1025 Estorp. In alten Schreibungen ist der Ortsname identisch mit Estorf: 1217 Estorpe. (auch: Eißdorff). Die Grundform lautet „Ages-thorp“ und bedeutet „Dorf eines ‚Agi‘“, zu „Egge, Ecke“ für „Kante, Schärfe des Schwertes“. Die Gegend um Eystrup war bereits früh besiedelt. Ein archäologischer Fund, der in das Jahr 750 v. Chr. datiert wird („Hortfund vom Blankenmoor bei Eystrup“), besteht aus bronzenen Schmuckstücken wie Halsring, weiteren Ringen und einer Bernsteinkette. Die Kirche zu Eystrup wurde 1179 erstmals erwähnt. Die Eystrup umgebenden Ortschaften wurden früher erwähnt. Bis 1977 gehörte Eystrup zum Landkreis Grafschaft Hoya, kam mit der Gebietsreform dann zum Landkreis Nienburg. Die für 2006 geplante Zusammenlegung mit der Gemeinde Gandesbergen wurde vom dortigen Gemeinderat abgelehnt. Im Jahre 2011 fusionierte die Samtgemeinde Eystrup mit der Samtgemeinde Grafschaft Hoya.
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